Det är en otroligt bred fråga.
Det BÄSTA sättet är att undvika den helt och hållet.
Detta är naturligtvis inte alltid möjligt.
Minska ditt beroende av alla former av skript och tillämpa standardmetoder för säker kodning på allt du gör.
Bestäm hur din hotbild ser ut - CIA/Mossad kommer att hitta en väg in i dina data, scriptkiddies kanske inte - vem skyddar du dig mot?
Var förvaras de känsliga uppgifterna, är de lättillgängliga när du väl har blivit hackad?
Ledsen - det här är inte till någon direkt hjälp eftersom jag inte har någon insyn i hela din miljö/exponeringsfönster.