To je neuveriteľne široká otázka.
NAJLEPŠÍ spôsob je úplne sa jej vyhnúť.
To však samozrejme nie je vždy možné.
Znížte svoju závislosť od akejkoľvek formy skriptovania a použite štandardné postupy bezpečného kódovania voči všetkému, čo robíte.
Určite, ako vyzerá vaše prostredie hrozieb - CIA/Mossad si nájdu cestu k vašim údajom, script kiddies možno nie - pred kým sa chránime.
Kde sa uchovávajú citlivé údaje, sú ľahko prístupné, keď vás hacknú?
Prepáčte - toto mi priamo nepomôže, pretože mám nulový prehľad o vašom úplnom prostredí/okne vystavenia.